广州市南沙区属于南亚热带季风性海洋气候，温暖、多雨、湿润，夏长冬短，夏季时段超过六个月。四季气候可概括为，夏无酷热，冬无严寒，春常阴雨，秋高气爽。

　　南沙年平均气温22.6℃，最冷月平均气温14.3℃（1月），最热月平均气温28.9℃（7月），历年极端最高气温39.0℃（2019年7月18日），极端最低气温2.2℃(2016年1月24日)。雨量充沛，分布不均，雨量相对集中在汛期，年平均雨量1673.1毫米，其中4—9月降雨量1354.9毫米，占全年降水量的81%。年平均相对湿度为77%，最小相对湿度9%。全年日照1651.7小时，年平均风速为2.1米/秒，最多风向东南偏南风。年蒸发量为1670.8 毫米，年雷暴日数72.2天。夏秋常有热带气旋影响，平均每年约有3—4个。主要气象灾害有台风、暴雨、雷暴、高温、干旱、灰霾、低温阴雨。